兰波《元音》私家小注，邀蜀道人生、紫穗穗等诸位共赏

青鸾与红鸢

已看完，嘿嘿。明天再来细读。

十月写手

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附注参考文献:<<纳米细胞生物学方法 >> 作者  Bhanu P. Jena


科学出版社  2010年3月出版   由北京大学的沙印林教授写的导读。


目录

第一章  纳米分辨水平下活细胞胞外分子的动力学

第二章   纳米分辨水平下细胞器的动力学研究

第三章  以原子力显微镜技术研究蛋白酶体组装

第四章   纳米尺度的生物矿化___关于硅藻的研究

第五章  纳米分辨水平下细胞结构与运动的定量相位成像研究

第六章  用于细胞结构与功能研究的傅立叶成像相关谱

第七章  多功能纳米机器复合体___纤毛的纳米生物学研究

第八章   膜融合过程中SNAREs蛋白的组装和解离

第九章   关于细胞膜融合的实验与理论模拟的综合研究

第十章   活细胞中金属蛋白的结构与动力学研究

第十一章   神经行为的远程控制___光激活离子通道

第十二章  离子通道的分子结构膜建和动力学模拟及相关原理

第十三章  胰淀素与膜相互作用的纳米尺度成像与动力学研究及其在二型糖尿病中的潜在应用

第十四章   活细胞中蛋白质折叠\结构和动力学的实时研究

第十五章  亚纳米分辨水平下人高密度脂蛋白形成与组装的结构基础

第十六章  叶绿体外膜移位因子动力学的纳米水平表征

第十七章   探索细胞通讯系统功能行为的系统生物学途径

第十八章   凝聚态生物分子体系的太赫兹研究

第十九章   离子通道构象动力学的单分子点记录与单分子光谱的综合研究.

生物分子网络的构建和分析   作者：刘曾荣  王瑞琦  杨凌   赵兴明
科学出版社  2012年6月第一版。


<非线性动力学丛书>序

前言 绪论
0.1   分子生物学简介

  0.1.1   DNA

  0.1.2    蛋白质

  0.1.3    从基因到蛋白质

0.1.4   生物大分子在生命活动中的作用

0.2   分子系统生物学研究的基本特征

第一章   复杂网络

   1.1 复杂系统研究的概况
          1.1.1   耗散结构理论

        1.1.2    协同论
   
   1.1.3    复杂系统中的自适应性

  1.1.4   非线性共性__混沌

   1.1.5    混沌控制\混沌同步与混沌边缘

1.2   生物系统是复杂系统
1.3   网络基础理论
1.4   复杂系统建膜_复杂网络
1.5   生物网络特征的简介
第二章    化学反应动力学

    2.1   质量作用定律

   2.2   酶动力学
          2.2.1  Michaelis_Menten法则
         2.2.2   可逆的催化反应
       2.2.3 HILL公式
   2.2.4 Spercies-Reaction(SR0Graph简介

第三章   单调动力系统

3.1  单调动力系统基础

3.2   单调动力系统的动态与分解

第四章   基子生物数据的网络推导

4.1  概述

4.2  转录调控网络

4.4 转录调控网络膜体

4.5  常用生物网络分析和可视化软件


第五章   由进化论构建网络的方法

5.1  用DD方法研究生物网络的度负关联性

   5.1.1  随机复制模型

5.1.2偏爱复制模型

5.1.3   节点删除变异模型

5.1.4   删边变异模型

5.1.5   加边变异模型

5.1.6  重组边变异模型

第六章   基于生物分子网络的知识发现  

6.1  网络膜体   

6.1.1  转录调控网络中的网络膜体

6.1.2  转录后调控网络中的网络膜体

6.1.3  蛋白质相互作用网络中的膜体和模块

6.2  生物网络中的分层结构

6.3  基于生物网络的知识挖掘

6.3.1  人类疾病网络

6.3.2  药物_靶蛋白网络

6.3.3  小结

第七章 细胞信号传导通路:建膜和识别   

7.1  细胞信号转导

7.2  信号转导网络建膜

7.2.1微分方程模型

7.2.2  Petri网络模型

7.2.3  布尔网络

7.3  基于蛋白质相互作用网络的信号通路识别'

  7.3.1统计方法

  7.3.2  概率图模型

7.3.3优化方法

7.4信号途径的应用

7.5总结

第八章 具有典型动力学性质的生物分子网络介绍

8.1 具有平凡动力学特征的网络

8.2   具有开关效应的网络

  8.2.1单基因双稳系统

  8.2.2 双基因双稳系统

  8.2.3  高微生物系统中的多稳态

  8.2.4  更多平衡点的多稳态系统

第九章  生物分子网络中的调控现象

9.1  基因表达调控

9.2小RNA调控

9.3  积分调控

9.4单调控控制系统

第十章   一些生命现象的网络分析例子  

10.1  细胞周期  

10.1.1一类简单的通用模型

10.1.2  一些常见的模型

10.2  酵母细胞周期网络的离散和连续模型

10.3  酵母细胞周期网络的随机模型

10.4  生物节律

   10.4.1  果蝇的生物钟

   10.4.2  蓝藻生物钟

   10.4.3  哺乳动物生物钟

10.5  哺乳动物节律的网络模型

10.6  细胞通信和细胞同步行为研究

10.7  适应性模型
<生物芯片技术与实践>科学出版社2010年5月第一版





作者:{英}史蒂夫.拉塞尔     荔萨.梅多斯   罗斯林.拉塞尔  著



肖华胜   张春秀   武雪梅    华友佳    刘寒梢   译.


目录



译者序


前言和致谢

第一章   引言  

1.1   技术介绍

1.2  发展概况

1.3 简要概述

第二章  实验设计基础

2.1 生物芯片基因表达测量中的变异来源

2.2 对照和重复

2.3  实验设计

2.4小结

第三章  生物芯片的设计和制备

3.1  探针的选择

3.2  cDNA和扩增产物探针

3.3  寡核苷酸探针

3.5  生物芯片的制备

3.5 小结

第四章   样本收集和标记  

4.1  样本收集和RNA提取

4.2 RNA的质量评价

4.3 cDNA的合成

4.4 标记方法

4.5  信号放大

4.6 RNA扩增

4.7扩增方法的比较

4.8 荧光标记样本的质量控制

4.9小结

第五章   杂交和扫描  

5.1杂交

5.2  数据获取

5.3  信号点定位

5.4  方法比较

5.5  数据提取

5.6 质量控制基本要求

5.7小结

第六章   数据预处理   

6.1  预处理基本原理

6.2  系统误差的来源

6.3  背景校正

6.4  数据过滤\标记和加权

6.5  缺失值的处理

6.6  数据转换

6.7  空间效应的处理

6.8 Print-Tip  Group  Loess归一化

6.9 二维(2D)Loess

6.10  复合Loess归一化

6.11  加权Loess归一化

6.12  使用重复探针增强归一化效果

6.13  "片间"归一化

6.14  关于质控的其他注意事项

6.15  生物芯片质量控制协会(MAQC)

6.16  外源RNA对照协会(ERCC)

6.17  EMERALD 协会

6.18  Affymetrix  GeneChip 数据的预处理

6.19  探针校正和整合

6.20  背景校正

6.21  归一化

6.22  小结

第七章  差异表达

7.1  引言

7.2  统计学推断

7.3  参数统计

7.4  生物芯片数据的线性模型(LIMMA)

7.5  非参数统计

7.6  基因-类别检验

7.7 小结

第八章  聚类和分类

8.1 引言

8.2  相似性度量

8.3   无监督分析方法:聚类和分区

8.4   评价聚类质量

8.5  微数减少

8.6  有监督的方法

8.7  模型质量评价

8.8 小结

第九章  生物芯片数据的存储和数据仓

9.1  引言

9.2 ArrayExpress数据库

9.3 Gene  Expression Ornnibus(GEO)

9.4  其他数据存储和数据仓

9.5 小结

第十章  基因组芯片分析

10.1  基因组芯片

10.2  外显子芯片

10.3  叠瓦芯片

10.4  扩增子及BAC芯片

10.5  寡核苷酸叠瓦芯片

10.6  叠瓦芯片的应用

10.7叠瓦芯片的应用

10.8小结

第十一章  生物芯片技术在医学中的应用

11.1 引言

11.2病原体研究:疟疾

11.3  人类疾病表达谱研究

11.4 比较基因组杂交芯片

11.5  SNPsHE  和基因分型

11.6 小结

第十二章  其他种类的生物芯片技术

12.1蛋白质结合芯片

12.2细胞和组织芯片

12.3 蛋白质芯片

12.4小结

第十三章 生物芯片的未来与展望

13.1生物芯片技术

13.2 标记和检测技术

13.3 成像技术

13.4 分析技术

参考文献(略)

索引(略)